Los fondos antiguos que abarcan un período de 1620 hasta 1826 se encuentran caracterizados por la influencia de las órdenes religiosas en la universidad por tanto la documentación está relacionada con: constituciones, cédulas reales, bulas papales, escrituras, tentativas, libros de grado, libros de matrículas, haciendas, tasa de caja secreta, badeles, de propinas de doctores y maestros, exámenes de grado. Mientras que la documentación de 1836 hará referencia a los diferente órganos de gobierno de la universidad, dependencias administrativas y facultades académicas, entre esta documentación podrá encontrar: Actas de Comisiones Permanentes, Actas de Consejo Universitario, Expedientes Académicos, Expediente laborales, matrículas, actas de grado, tesis, convenios, proyectos, resoluciones administrativas, informes, oficios, acuerdos, propuestas, etc.